ICD10分类 • canregtools

classify_icd10

classify_icd10 该函数把人群肿瘤登记数据的icd10编码转化为肿瘤分类的因子。目前可以实现如下功能:

按照不同的分类方式进行分类。
输出为不同的语言(简体中文和英语)。

例子

library(canregtools)
file <- system.file("extdata", "411721.xls", package = "canregtools")
data <- read_canreg(file)
#> 2200  cases were read from FB sheet.1470  cases were read from SW sheet.
icd10 <- sample(data$FBcases$icd10, 20)
icd10
#>  [1] "C34.9" "C34.9" "C73"   "C17.0" "C56"   "C41.4" "C18.7" "C53.9" "C18.9"
#> [10] "C55"   "C15.9" "C22.1" "C18.9" "C67.9" "C18.9" "C15.8" "D43.2" "C22.0"
#> [19] "C34.9" "C22.0"
## 把icd10按照疾病系统进行分类，并输出为中文
cate1 <- classify_icd10(icd10, type = "system", lang = "cn")
cate1
#>  [1] 呼吸系统       呼吸系统       眼、脑、甲状腺 消化系统       女性生殖系统  
#>  [6] 骨、软骨、皮肤 消化系统       女性生殖系统   消化系统       女性生殖系统  
#> [11] 消化系统       消化系统       消化系统       泌尿系统       消化系统      
#> [16] 消化系统       骨、软骨、皮肤 消化系统       呼吸系统       消化系统      
#> 12 Levels: 排除 唇口咽 消化系统 呼吸系统 骨、软骨、皮肤 乳腺癌 ... 其他

## 把icd10按照疾病大类进行分类，并输出为英文
cate2 <- classify_icd10(icd10, type = "big", lang = "en")
cate2
#>  [1] Lung         Lung         Thyroid      Other        Ovary       
#>  [6] Bone         Colon-rectum Cervix       Colon-rectum Uterus      
#> [11] Esophagus    Liver        Colon-rectum Bladder      Colon-rectum
#> [16] Esophagus    Brain        Liver        Lung         Liver       
#> 27 Levels: Excluded Oral cavity & pharynx Nasopharynx Esophagus ... Other

## 把icd10按照疾病小类进行分类，并输出为中文
cate3 <- classify_icd10(icd10, type = "small", lang = "cn")
cate3
#>  [1] 气管、支气管、肺 气管、支气管、肺 甲状腺           小肠            
#>  [5] 卵巢             骨               结肠             子宫颈          
#>  [9] 结肠             子宫,部位不明    食管             肝脏            
#> [13] 结肠             膀胱             结肠             食管            
#> [17] 脑、神经系统     肝脏             气管、支气管、肺 肝脏            
#> 60 Levels: 排除 唇 舌 口 唾液腺 扁桃腺 其他口咽 鼻咽 下咽 咽,部位不明 ... 其他或未指明部位